SecureDoc poza szyfrowaniem całej powierzchni dysku oferuje również możliwość szyfrowania wybranych plików lub folderów lub całych partycji. Dodatkowe szyfrowanie wybranych plików, folderów lub partycji gwarantuje bezpieczeństwo danych w sytuacji kiedy są one:
- przesyłane za pośrednictwem poczty elektronicznej
- udostępniane poprzez otoczenie sieciowe
- współdzielone przez osoby wspólnie użytkujące jeden komputer.
Szyfrowane pliki mogą być wymieniane w obrębie organizacji z automatycznym odczytem pliku (pod warunkiem, że odbiorca posiada właściwy klucz szyfrujący w swoim pęku) lub wymieniane z dowolną osobą, która nie posiada komercyjnej wersji oprogramowania SecureDoc.
W sytuacji kiedy dokument ma być wysłany do osoby, która nie korzysta z komercyjnych rozwiązań SecureDoc, wystarczy plik zaszyfrować oraz zabezpieczyć hasłem. Odbiorca, który chce odczytać zawartość pliku musi zainstalować darmową aplikacje SecureDoc File Viewer (udostępniana na żądanie przez producenta lub dystrybutora) i wprowadzić hasło, którym plik został zabezpieczony.